Cerkev predstavlja najpomembnejši novomeški arhitekturni spomenik. Ta sloves ji zagotavljata dominantna lega na vrhu Kapiteljskega griča, s čimer daje pečat tudi mestni veduti, in dejstvo, da je najstarejša ohranjena stavba v mestu z bogato, a razmeroma zapleteno zgodovino oziroma stavbnim razvojem. Cerkev so obravnavali že številni pisci: Peter Hitzinger, Ivan Vrhovec, Jože Gregorič, France Stele, Ivan Komelj in Marjan Mušič. Cerkev sv. Nikolaja se v arhivskem gradivu prvič omenja leta 1428 kot »sanndt Nicla khirchen« in »pharrkirchen«. Na podlagi omembe nekega duhovnika Pavla iz Novega mesta leta 1409 in prvih arhivskih navedb, npr. »pharrkirchen zu sand Nicla« iz leta 1438, bi lahko na prvi pogled sklepali, da je bil pri cerkvi sedež samostojne župnije. Vendar je iz kasnejših virov jasno razvidno, da je do osamosvojitve prišlo šele ob ustanovitvi kolegialnega kapitlja leta 1493, dotlej pa je bila cerkveno podrejena župniji sv. Kancijana v Mirni Peči, stari pražupniji severozahodno od Novega mesta.
Stavbna zgodovina
Današnja podoba cerkve in njena tlorisna zasnova nam razodevata, da je stavba rezultat številnih gradbenih faz in predelav. Največ nerešenih vprašanj je predstavljal čas nastanka današnjega dolgega prezbiterija (kora) in zvonika. Najstarejši del cerkve predstavlja ladja. Sprva so domnevali, da je bila ladja za nekaj metrov podaljšana proti starejšemu zvoniku, ki naj bi bil stal samostojno kot ostanek stiškega Gradca. Zvonik je mlajši od ladje, tako so jasno pokazale arheološke preiskave ob zvoniku in ob stenah ladje. Tudi razmerje ladijske talne ploskve med širino 13 m in dolžino 22,5 m, ki znaša 1 : √3, govori o enotnem konceptu.
Cerkev je sestavljena iz treh delov: monumentalnega zvonika, ki so mu 1860 odvzeli baročno avbo iz 1667 in je bil v zgornjem delu prezidan v novogotskem slogu; ladje, ki s svojo lomljeno podolžno osjo predstavlja svojevrstno posebnost in je bila v zgodnjem 17. stoletju obokana in barokizirana potem, ko je pogorela prvotna, gotska ladja ki jo imela domnevno raven lesen strop in prezbiterija iz 15. stoletja, ki spada med tako imenovane dolge kore in s svojo zunanjo podobo iz lomljenega ter neometanega kamna spada med najzanimivejše gotske zapuščine na naših tleh.
Pod prezbiterijem je še kripta, ki je prava redkost v slovenskih cerkvah. Vanjo vodita dva dostopa: prvi iz ladje po strmih stopnicah pod današnjo prižnico, drugi pa z zunanje strani skozi ozek šilast portal v zahodni steni pritličja zakristije. Na zahodni strani kripte je nameščen oltar sv. Križa. Oltar je najverjetneje dal postaviti prošt Janez Andrej pl. Stemberg (1653 -1666).
Zanimivosti
Oblika cerkve
Nenavadno obliko cerkve pripisujejo ideji o veliki katedrali, ki so jo želeli postaviti. Ko so se odločili za gradnjo, so najprej sezidali prezbiterij, nato naj bi gradnjo ladje nadaljevali proti kapiteljskem vrtu. Pozneje so morali gradnjo opustiti zaradi drugih potreb mesta. Zaradi nedokončane zidave je poznogotski prezbiterij rahlo izmaknjen z osi.
Oltarna slika Sv. Nikolaja
Nad imenitno cerkveno arhitekturo bdi nebeški zavetnik sv. Miklavž. Njegova slika, delo beneškega slikarja Jacopa Robustija, imenovanega Tintoretto (1518 – 1594), že stoletja dviguje ugled novomeškega Kapitlja in ponos meščanov. V spodnjem delu sta v prvem planu slike upodobljena patrona oglejske cerkve mučenca sv. Mohor in sv. Fortunat. Osrednje mesto zavzema podoba sv. Nikolaja , ki se mu na poti v nebo prikazuje sv. Trojica, dva angela pa nosita škofovske insignije. Vsebinsko zamisel je slikarju nudil cerkveni zbor v Niceji leta 318, kjer je sv. Nikolaj branil skrivnost sv. Trojice.
Zasluge za to, da lahko na velikem oltarju kapiteljske cerkve občudujemo Tintorettovo sliko sv. Miklavža, ima Polidor pl. Montagnana, novomeški prošt v letih 1582 – 1604. Svoje proštovanje je med drugim zaznamoval z velikimi obnovitvenimi deli na v požaru leta 1576 poškodovani proštiji in kapiteljski cerkvi, za katero je kupil veliki oltar in zanj od oglejskega patriarha Grimanija pridobil Tintorettovo umetnino.
Kar presenetljivo je, da se ni o tej tako pomembni Montagnanovi pridobitvi v kapiteljskem arhivu hranila nobena listina. Najstarejši vir, ki poroča o umetnini, je zapis v Valvasorjevi Slavi vojvodine Kranjske, iz leta 1689. Valvasor (1641-1693), ki se je verjetno oprl na poročilo katerega od kapiteljskih kanonikov, če ne celo samega prošta, je prvi, ki pripisuje sliko »slavnem« Tintorettu.
Šest stranskih oltarjev
Pičenski škof in novomeški prošt Jurij Ksaver pl. Marotti (1715-1740) je dal v času svojega proštovanja postaviti šest baročnih stranskih oltarjev. Slike so delo potujočega slikarja Valentina Metzingerja (1699-1759). Njegove slike z naročeno vsebino zasledimo v mnogih cerkvah nekdanje Kranjske.
Prvi vzhodni oltar na severni strani je posvečen Marijinemu vnebovzetju. Marija se z dušo in telesom v družbi angelov vzpenja v nebo, spodaj pa so okoli praznega groba zbrani apostoli.
Srednji oltar na severni strani je posvečen sv. Barbari. Svetnica je upodobljena v tipičnih baročnih kretnjah, ki so znamenja duševnega zamaknjenja, desno pa stoji njen oče kralj kot rabelj, ki z mečem v roki že kaže svojo namero. V ozadju je stolp in kelih, ki sta svetničina atributa. Tretji oltar predstavlja družino sv. Ane. Sliko odlikuje diagonalna kompozicija s sv. Ano v sredini, ob vznožju je mala Marija, zatopljena v branje, dogajanje pa z zanimanjem spremlja oče sv. Joahim.
Vrsto oltarjev na južni strani začenja z vzhoda oltar s sliko Kristusove molitve na Oljski gori. Vidimo Kristusovo obnemoglo postavo, ki jo podpira angel, z desne pa drugi angel drži križ in kelih kot napoved Odrešenikovega velikega trpljenja. Srednji oltar je posvečen sv. Janezu Nepomuku. Sliko odlikuje podoba svetnika v osrednjem delu, ki ga nosijo angeli skupaj s svetnikovimi atributi: lilijo, križem in knjigo z napisom »Pro sigllio Confessionis 1733« v nebo. V spodnjem delu vidimo prizorišče svetnikove smrti, Vltavo s Karlovm mostom v Pragi. Tretji južni oltar je posvečen sv. Jakobu. Kompozicijo zaznamuje dinamična postavitev svetnikove figure. Zgoraj lebdi angel z vencem, v ozadju pa vidimo mirno pokrajino in vasico s cerkvijo.
Vrata zakristije
Drugi vatikanski koncil govori o škofih, ki pasejo ovce v Gospodovem imenu in se z mislijo dotika biblične podobe Jezusa kot dobrega pastirja, ki pozna svoje ovčice. Mozaična podoba Dobrega pastirja je nameščena v lok vhoda pred zakristijo. Vrata je dal izdelati prošt Sebastijan Elbert (1898 – 1924) v letih 1900-1901.
Veliki oltar
Po zaslugi prošta Jerneja Arka (1852 – 1868) je kapiteljska cerkev poleg gotizirane strehe cerkvenega stropa dobila še drugi gotski poudarek – veliki oltar. Izdelavo je zaupal rezbarju in podobarju Matevžu Tomcu iz Šentvida nad Ljubljano. Oltar je bil postavljen jeseni leta 1868.
Pieta iz kapele
Iz pretresljivega evangeljskega prizora Marijinega objokovanja mrtvega Kristusa se je v italijanskem trecentu izoblikoval ikonografski motiv Pieta. Marijin obraz izraža bolečino ob izgubi sina. Ekspresivnost njenega trpljenja je poudarjena z mečem, ki ji prebada prsi.
Štiri sončne ure
Postaviti jih je dal prošt Jožef Lap (1977-2006) leta 2006. Vsaka ura predstavlja delček zgodovine Novega mesta. Vzhodna ura nosi napis »In je Bog, ki je ljubezen« in skrit kronogram 313, ki predstavlja letnico, ko je bila krščanska vera priznana za državno. Naslednja je Rudolfova ura in nosi napis »In sem človek, ki sem zmotljiv. In sem krog«. Kronogram je letnica 1365, leto stanovitne Novega mesta. Leva ura na južni strani je ura prošta Sladkonje in nosi napis »In je čas, ki je brezčasen. In je krog.«. Kronogram izpisuje letnico ustanovitve kolegiatnega kapitlja 1493. Zadnja ura je ura prošta Jožefa Lapa, ki nosi napis »In k Bogu naj bo moja pot. In moja pot je Bog.« Letnica 2006 pomeni ustanovitev novomeške škofije.
Križ
Srebrn in delno pozlačen pontifikalni križ je leta 1772 izdelal ljubljanski zlatarski mojster Andrej Piringer.
Relikvije sv. Feliksa pod velikim oltarjem cerkve
Svetnikove posmrtne ostanke, kosti in stekleničko s krvjo je iz rimskih katakomb leta 1675 prenesel prošt Germanik Thurn (1666- 1679)
Korne klopi
Izdelane so bile leta 1766, restavratorski poseg so doživele v času prošta Jožefa Lapa.
Nagrobni spomenik družine Gričar
V cerkvi je nagrobnik protestantske družine Gričar iz 16. stoletja, ki jih v svojem romanu Gričarji opisuje pisateljica Ilka Vašte DATUM).
Kronologija
1237 Vojvoda Friderik Bojeviti naj bi bil dovolil stiškim menihom, da sezidajo stolp v Gradcu ob Krki (kjer je zdaj Novo mesto). Po mnenju nekaterih stoji na tem mestu zvonik kapiteljske cerkve.
1365 Vojvoda Rudolf IV. Habsburški je 7. aprila 1365 na prostoru, kjer do tedaj ni bilo naselja, na novo ustanovil mesto, ki ga je poimenoval po sebi Rudolfswerth, a so ga ljudje že od vsega začetka naprej imenovali Novo mesto, ker je bilo pač v tistem času res novo.
1428 VI/23 Prva omemba cerkve sv. Nikolaja v Novem mestu
1493 IV/27 Cesar Friderik III. Ustanovi novomeški kapitelj. Cerkev sv. Nikolaja, nekdanja podružnica župnije Mirna peč, postane župnijska cerkev v kateri bodo kapiteljski duhovniki opravljali korno molitev in peli jutranjo mašo, kakor je običajno v kolegiatnih cerkvah. Števila kanonikov ustanovna listina ne omenja, pač pa tri župnije priključene Kapitlju.
1497 Mestni svet določi prostor za izgradnjo Kapitlja in kanoniških hiš in proglasi Kapitelj za pravno neodvisnega od mesta.
1500 – 1522 Jurij Slatkonja, drugi prošt, dvorni kaplan, zaupnik cesarja Maksimilijana in vodja glasbene kapele na njegovem dvoru. Leta 1513 postane prvi škof novoustanovljene dunajske škofije, še naprej pa ostane tudi novomeški prošt.
1509 X/16 Cesar Maksimilijan I. izda drugo listino o ustanovitvi novomeškega Kapitlja in določi proštiji grb s konjem.
1576 III/1 Požar uniči kapiteljsko cerkev in vso cerkveno opremo.
1590 Novo mesto skoraj izumre zaradi epidemije kuge.
1593 Posvečen obnovljeni veliki oltar kapiteljske cerkve. Ob tej priložnosti pride v Novo mesto Tintorettova slika sv. Miklavža in najbrž tudi nove orgle, ki jih prošt nabavi iz lastnih sredstev.
1675 Prošt Thurn prinese za sveto leto iz Rima relikvije sv. Feliksa.
1689 Valvasor v Slavi vojvodine Kranjske objavi obširen opis Kapitlja in njegove zgodovine ter vrsto proštov.
1732/33 Po naročilu prošta Marottija naslika Metzinger šest slik in štiri medaljone za stranske oltarje v kapiteljski cerkvi.
1766 Umetniško izdelane nove lesene klopi za kanonike v prezbiteriju.
1809 X/16 Upor proti Francozom. Pogori nekdanja pristava na kapiteljskem hribu, ki se še danes po njej imenuje »Kapiteljski marof«.
1860 Zvonik dobi novo streho v gotskem stilu, krito s skrilom
1868 IX/22 posvečen veliki oltar, delo Matevža Tomca (teden dni po smrti prošta Jerneja Arka, ki ga je naročil).
1889 Kapiteljska cerkev dobi novega organista in pevovodjo Ignacija Hladnika, skladatelja. Ponarodela je njegova »Marija skoz’ življenje…«.
1901 Obnovljen veliki oltar s tabernakljem in grobom sv. Feliksa. V prezbiteriju postavljen nov krstni kamen, delo z lesenim novogotskim nastavkom. Iz sredstev, ki jih je zapustil še prošt Arko, napravljena nova vrata v zakristijo.
Matija Koželj iz Kamnika poslika cerkev z viticami in medaljoni.
1904 Cerkev dobi nove orgle, stara baročna omara ostane.
1937 VII Marjan Mušič in Jože Gregorič odkrijeta gotska okna v ladji kapiteljske cerkve.
1979 IV/7 Posvečen novi oltar, obrnjen proti ljudstvu. To je prvi oltar v Sloveniji posvečen po novem obredniku.
1980 Po zaslugi prošta Jožefa Lapa (1977 – 2006) je obnovljena kripta.
1991 – Osamosvojitev Slovenije pomeni nov mejnik pri obnovi kapiteljske cerkve, ki jo je zaznamoval prošt Jožef Lap.
2006 – Nove razmere proti koncu 20 stol. so oživile željo po samostojni škofiji v Novem mestu. Razlogi so bili izrazito pastoralni: približati škofa vernikom. Pobuda se je začela uresničevati, ko je ljubljanski nadškof in metropolit Franc Rode kot predsednik Slovenske škofovske konference leta 1998 imenoval komisijo, ki naj pripravi konkretne predloge za preureditev cerkvene uprave v Sloveniji. Škofija v Novem mestu je slovesno zaživela z umestitvijo prvega škofa msgr. Andreja Glavana v 10. junija 2006.
2007 III/19 Škof msgr. Andrej Glavan je imenoval za stolnega prošta g. Božidarja Metelka ter štiri kanonike: Franceta Dularja, Franceta Erklavca, Silverstra Fabijana ter Janeza Grila.